Vilniaus etninės kultūros centras įkurtas 1992 metais. Siūlymą dėl tokio centro įkūrimo teikė tuo metu pareigas ėję: Norbertas Vėlius – Lietuvos etninės kultūros draugijos pirmininkas, Jonas Trinkūnas – Lietuvos Respublikos kultūros ir švietimo ministerijos Etninės kultūros skyriaus viršininkas, Libertas Klimka – Lietuvos liaudies kultūros centro direktoriaus pavaduotojas, Eugenijus Jovaiša – Vilniaus pedagoginio instituto prorektorius mokymo reikalams, Vladas Turčinavičius – Vilniaus miesto tarybos Kultūros reikalų komisijos pirmininkas. 1992–2005 m. centro darbą organizavo vedėja Eglė Plioplienė, 2005–2018 m. centrui vadovavo Milda Ričkutė, nuo 2018 m. spalio mėn. centro darbą organizuoja direktorė Sandra Daugirdienė.